运行中要检查管路及各有关阀门的开启情况，其中进水阀、出水阀、进气阀、出液阀、均压阀、安全检查阀前的截止阀和液面批示器的阀门必须全开，放油阀和放空气阀应关闭。同时应注意，冷凝压力一般不超过1.5Mpa，对于氨压缩机应定期采用化学分析法或酚酞试纸检验冷却水是否含氨，以确定冷凝器是否漏氨，一般每月一次，发现问题及时处理。
石墨冷凝器满足市场，创造市场，石墨冷凝器正常运行时，应先开启风机、然后是循环水泵，再开启进气阀和出液阀。喷水嘴应畅通，定期清除水垢，应经常检查石墨冷凝器冷却水的供应情况或风机的风量情况，保证水量或风量足够，分配均匀。冷凝器的进出水温差应根据冷凝器种类调整蒸发式冷凝器通常控制在8-14℃，立式或淋激式2-3℃，卧式为4-6℃，冷凝温度较出水温度高3-5℃，根据水质情况，定期除水垢，水垢厚度一般不得超过1.5mm，一般一年清除一次。当石墨冷凝器停止工作时，应首先关闭进气阀，间隔一段时间后，再切断水泵和风机的电源，停止供水，冬季应将卧式、组合式石墨冷凝器中的积水放净，若石墨冷凝器长时间停用，须将制冷剂排空，并与其他管路隔开。